Ciao John,
Non siamo a conoscenza di questo tipo di problema. Assicurati che i tuoi comandi di rinnovo includano "–restart":
–restart tutte le farm che utilizzano il certificato verranno riavviate
Qualcosa di simile a:
/usr/local/relianoid/bin/noid-letsencrypt-autorenew […] –restart
Inoltre, per essere sempre aggiornati, consigliamo di utilizzare l'ultima versione CE v7.
Saluti.